Beskedet kommer mindre än fem månader före OS, som skjutits upp på grund av pandemin.
Utöver huvudstaden berörs tre närbelägna prefekturer. Suga uppmanar Tokyoborna att avstå från traditionella vårpicknickar under blommande körsbärsträd och andra aktiviteter där det inte går att hålla avstånd.
– Jag ber er alla att inte äta tillsammans i stora grupper, inte ens på examensceremonier, inskrivningsceremonier, välkomst- eller avskedsfester eller på blomsterfester, säger han.
Trots en uppgång i nya fall under vintern har Japan rapporterat få fall av covid-19 jämfört med västvärlden. Sammanlagt har 8 100 smittade avlidit, och det i ett land med 126 miljoner invånare.
Nödläget innebär i huvudsak att barer och restauranger stänger från klockan 20.