Spanjoren vann med siffrorna 7–5, 7–5 – men till ingen nytta.
Ruud är sedan tidigare klar gruppvinnare medan Nadal är utslagen. Norrmannen får sällskap till semifinalerna av amerikanen Taylor Fritz. 25-åringen besegrade Félix Auger-Aliassime med 2–1 i set och siffrorna 7–6, 6–7 och 6–2.
Nu väntar möte mot en av sportens största.
I den andra gruppen är det nämligen fastställt att Novak Djokovic slutar etta.
Vem som tar den sista semifinalplatsen – och därmed för möta Ruud – avgörs på fredag. Då ställs Stockholm Open-finalisten Stefanos Tsitsipas mot ryske världsåttan Andrej Rublev.
För Rafael Nadal väntar närmast en uppvisningstävling i Sydamerika.