Polacken Maciej Janowski tog hem finalen före tvåan Emil Sajfutdinov, Ryssland och den trefaldige världsmästaren Tai Woffinden, Storbritannien på tredjeplats.
Lindgren blev diskad även i det första av fem heat i grundomgången – men sedan gick det bättre. Svensken blev slutligen fjärde bäst och knep en semifinalplats.
Väl där nådde han en andraplats före den regerande världsmästaren Bartosz Zmarzlik. Han kunde dock inte rå på Emil Sajfutdinov, som var bäst av alla även i kvalet.
Lindgren slutade trea i VM-serien i fjol.
Nästa VM-deltävling körs redan i morgon, lördag, i Prag.