I ett inlägg på sociala medier meddelar 47-åringen att hästen Indiana har skadat sig.
"Det är klart att jag är riktigt, riktigt ledsen. Vi har haft ett fantastiskt år och jag såg verkligen fram emot att göra Super Grand Prix i Prag. Förhoppningsvis kommer vi tillbaka nästa år igen", säger Baryard Johnsson i ett uttalande.
Ekipaget var tidigt klart för huvudfinalen i Prag efter delsegern i tävlingen i franska St. Tropez i somras.
Svenska Ridsportförbundet uppger på sin sajt att det rör sig om ett mindre sår på benet som Indiana fått i hagen.
Baryard Johnssons lag, Stockholm Hearts, kommer dock att tävla i Prag. Där ingår också OS-mästaren Peder Fredricson, belgiska supertvillingarna Nicola och Olivier Phillipaerts och amerikanskorna Lillie Keenan och Lily Atwood.
Laget tävlar om en prispott på totalt 5 950 000 euro, vilket motsvarar cirka 64,4 miljoner kronor, i lagtävlingen. Förstapris motsvarar omkring 16,2 miljoner kronor.
Fem svenska ryttare startar i Tjeckien: Henrik von Eckermann, Peder Fredricson, Evelina Tovek, Angelica Augustsson Zanotelli och Linda Heed. Henrik är kvalad till Super Grand Prix, de övriga rider lagtävlingen Super Cup.
Malin Baryard-Johnsson kommer som planerat att finnas med i Sweden International Horse Show i Friends Arena nästa vecka. Dit har OS-guldmedaljören med sig hästarna Harley Davidson och Diamantino.