Anledningen är att hon behöver vila på grund av utmattning.
Enligt en talesperson för storstadsregionen kommer pausen att vara under en vecka, där Koike kommer att ersättas av en biträdande guvernör.
Beskedet kommer mitt under de sista förberedelserna inför sommarens OS, och samtidigt som det japanska folket fortsätter att oroa sig över vad spelen kan medföra ur smittosynpunkt.