Det är första gången någon i en utländsk trupp bekräftats smittad.
Nio ugandiska idrottare och tränare anlände till flygplatsen Narita i närheten av Tokyo under lördagen. Där fick man besked om att en av dem var smittad av covid-19.
Personen hålls nu isolerad i en myndighetsbyggnad, medan resten av truppen rest vidare till värdstaden Osaka för träningsläger.
Alla i den ugandiska truppen uppges ha fått två doser av Astra Zenecas vaccin och testat negativt 72 timmar innan avfärd.
De olympiska spelen, som skjutits upp ett år på grund av coronapandemin, invigs den 23 juli, trots oron för att tusentals influgna människor från hela världen ska bidra till spridningen av covid-19 i landet.
På måndag bestäms det om OS i Tokyo ska avgöras inför publik eller med tomma läktare.