NHL-klubben, som också söker en ny general manager, befinner sig i en smärre kris.
– Till syvende och sist så har vi missat slutspelet de senaste tre säsongerna, vilket inte är acceptabelt gentemot vår ägare, vår organisation och våra supportrar, säger assisterande general managern Joe Will.
Det blev en kort sejour för Boughner som huvudtränare för den kaliforniska klubben, sedan han tog över rodret i december 2020. Då han klev upp från posten som assisterande när Peter DeBoer fick gå.
San Jose och Winnipeg är de två NHL-klubbar som för närvarande saknar tränare, sedan Boston anställt Jim Montgomery.