Matchen var helt jämn efter två perioder, 3-3, innan Motala avgjorde i sista perioden.
Oscar Eckerberg blev matchhjälte med sitt avgörande 4-3-mål 16.11 in i tredje perioden.
Segern var Motalas sjunde på de senaste åtta matcherna.
Skärblacka tog ledningen efter fyra minuters spel, genom Anton Karlsson framspelad av Albin Karlsson och Filip Fahlström.
Motala kvitterade till 1-1 efter 8.33, när Tom Nyberg slog till på pass av Albin Albrektsson och Wilhelm Wadström.
Skärblacka tog ledningen på nytt efter 16.05, genom David Engberg assisterad av Philip Lekander och Linus Andersson.
Efter 6.58 i andra perioden nätade Jesper Nilsson, på pass av Patric Juel och Albin Albrektsson och kvitterade för Motala.
Jesper Nilsson gjorde dessutom 2-3 efter 9.31 framspelad av Oscar Eckerberg och Hampus Karlsson Berglund.
Skärblackas Filip Fahlström gjorde 3-3 efter 15.49 på pass av Linus Andersson och Emil Rotviker.
16.11 in i tredje perioden nätade Motalas Oscar Eckerberg framspelad av Erik Karlsson och avgjorde matchen för Motala.
Det här var Skärblackas andra uddamålsförlust den här säsongen.
Det här betyder att Skärblacka ligger kvar på fjärde plats i tabellen, och Motala på andra plats.
I nästa match möter Skärblacka Valdemarsvik hemma på tisdag 14 november 20.10. Motala möter Vita Hästen söndag 19 november 17.00 hemma.