Det bekräftar klubbledningen och Fagervall själv för Kvällsposten.
– Vi har hela tiden hoppats att vi ska reda ut situationen. Men nu har vi kommit till punkten där detta inte längre gick, säger ordföranden Mats Larsson.
– Vi har känt oss tvungna att agera.
Fagervall tog över Malmö inför säsongen 2020-2021. Så sent som i november förlängde han avtalet till våren 2023.
Någon ny huvudtränare är inte klar. De assisterande tränarna Pär Styf och Tomas Kollar leder laget mot Leksand imorgon.
Malmö ligger tolva, sju poäng ovanför nedflyttningsstrecket.