Svensken säkrade totalsegern efter lördagens rejs i Monterey, Kalifornien, på banan Laguna Seca Raceway. Säsongens sista tävling kördes på samma bana under söndagen.
I sista tävlingen för säsongen slutade svensken fyra. Rejset vanns av dansken Christian Rasmussen.
"Det har varit en fullständigt magisk säsong. Visst, det hade varit kul att stå på pallen här i finalen, men jag är ändå väldigt stolt över hur vi avslutar här idag. Jag kommer aldrig glömma den här säsongen och vad det här betyder för mig kan jag inte ens riktigt sätta ord på. Det är det största jag varit med om", säger svensken i ett pressmeddelande.
23-åringen från Tyresö har under säsongen vunnit fem av tretton deltävlingar.
Svensken tog hem totalsegern med hela 92 poäng före totaltvåan, amerikanen Sting Ray Robb.
Segern innebär att Lundqvist kommer att få ett stipendium för en satsning mot 2023 års Indycar-mästerskap.
Indy Lights är en underklass till klassen Indycar, där bland andra svenskarna Felix Rosenqvist och Marcus Ericsson tävlar.