Inför turneringens sista hål var det rejält spännande – Karlsson var fortfarande i ledning, ett slag före sin svenska konkurrent Maja Stark och tyskan Leonie Harm.
Ett dåligt utslag, som landade i skogen utanför banan, av Karlsson på sista hålet öppnade upp tävlingen för Stark.
Stark tog vara på chansen och tog sig runt fjärde rundan på 70 slag. För Karlsson krävdes 72 slag.
Stark vann tävlingen före tyska Harm och Jessica Karlsson som delade andraplatsen.
– Jag var så nervös på hål 18, jag trodde att jag inte hade en chans att vinna efter att ha misslyckats på hål 16, säger Stark i Eurosports sändning.
– Det var en frustrerande runda, jag tror inte jag har känt så här någonsin tidigare. Jag är bara glad att det är över.
Linn Grant slutade på delad fjärdeplats.
Turneringen spelades på Golf & Country Club Seddiner See utanför Berlin.
Segern var Starks fjärde på Europatouren. Karlssons tidigare bästa placering på Europatouren var en delad femteplats.