Anledningen är att hon inte är där hon vill vara formmässigt efter sina skadeproblem.
"Tråkigt besked såklart, men samtidigt förståeligt om Meraf känner att formen inte är där”, säger förbundskapten Kajsa Bergqvist.
Bahta ådrog sig en hälseneskada i början av sommaren.
"Vi känner inte att hon hunnit komma i såpass bra form att hon kan prestera på topp. Tiden blev helt enkelt för knapp den här gången, men vi gläds ändå åt att hela processen att komma tillbaka till intensiv träning har gått så snabbt som den gjort", säger tränaren Per Skoog.
Bahta missade även friidrotts-VM i Eugene, USA, i juli.
Friidrotts-EM i München inleds på måndag.