Enligt Svenska friidrottsförbundet stoppas hon av en segdragen covidinfektion.
Hon testades positivt för covid-19 direkt efter VM i Eugene tidigare i somras. Förbundet skriver att hon har känt sig pigg men att kroppen fortfarande inte verkar ha återhämtat sig fullt ut.
"10 000-metersloppet blev fruktansvärt tufft mot slutet och som kroppen känns nu är det ett enkelt beslut att avstå 5 000 meter", säger Lahti, som slutade på 14:e plats i måndagens 10 000-meterslopp, i ett uttalande på förbundets webbplats.