Den ukrainska polisen anklagade Pavelko för att ha missbrukat medel avsedda för byggandet av en konstgjord fotbollsplansfabrik.
Pavelko, som nekar till brott, riskerar upp till 12 års fängelse.
– Borgen har redan betalats. Vi hoppas att Pavelko kommer att återvända till sitt kontor inom de närmaste timmarna, säger hans advokat Denys Bugay till AFP.
Bugay säger även att Pavelkos juridiska team är redo att samarbeta med utredningen.
Advokaterna säger att de kommer att bestrida domstolsbeslutet som kommer efter tre års utredning.
Pavelko har varit vid rodret för landets fotbollsförbund sedan 2015.