Skälet är att serbiska fans skanderade nedsättande ramsor mot gästande Montenegro när lagen möttes i Belgrad i oktober. Serbien vann med 3–1.
Även Montenegro straffas för "rasistiskt beteende" bland de tillresta fansen och fotbollsförbundet får inte sälja biljetter till bortamatchen mot Ungern 19 november.
De två ländernas respektive förbund straffades för liknande överträdelser efter att länderna möttes i Montenegro i mars.
Ungern och Serbien ligger etta och tvåa i gruppen och väntas ta de två direktplatserna till EM-slutspelet i Tyskland som inleds 14 juni nästa år.