Kritiken kom eftersom avståndet mellan Stuttgart, där det tyska landslaget hade sin samling, och Basel är drygt 24 mil, vilket många supportrar tyckte var för kort avstånd för att flyga.
Nu försvarar det tyska fotbollsförbundet sig, och Tysklands lagledare Oliver Bierhoff menar att beslut togs med hälsan i åtanke.
"Vi värnade om lagets hygien och säkerhet och ville skapa bra förutsättningar för att laget skulle kunna återhämta sig. Vi tyckte att flygplan var en klart bättre resväg än att ta tåg eller buss i tre och en halv timme", säger Bierhoff i ett pressmeddelande.
Tyskland spelade 1–1 i båda sina Nations League-matcher, mot Spanien och Schweiz.