Hemmalaget Eneby hade ledningen i halvtid, med 2-1, men efter pausen vände Vimmerby matchen och vann till slut med 3-2.
Segermålet för Vimmerby stod Kujtese Rexha för efter 90 minuter.
Matchen var mållös till Eneby tog ledningen efter en knapp halvtimmes spel, genom Filippa Karlberg.
Vimmerby kvitterade till 1-1 i 32:a minuten, genom Nathalie Johansson.
Eneby tog ledningen bara en minut senare åter igen genom Filippa Karlberg. Det såg länge ut att gå mot seger för Eneby. Med nio minuter kvar att spela kvitterade Vimmerby genom Nathalie Johansson.
Det matchavgörande målet kom i 90:e minuten, när Kujtese Rexha gjorde 2-3 för Vimmerby. Därmed hade Vimmerby vänt matchen. 2-3-målet blev matchens sista.
När lagen senast möttes, för två år sedan, blev det seger för Eneby med 1-0.
I nästa omgång har Eneby Lindö borta på Fastighetsteknik Arena, söndag 17 april 15.30.