Wolfsburg slutade på fjärde plats i Bundesliga och ska spela Champions League-fotboll nästa säsong, men deras tränare Oliver Glasner lämnade för ligakonkurrenten Frankfurt.
"Mark van Bommel var lösningen som vi hoppades på och vi är övertygade om att han tillsammans med sin ledarstab kan fortsätta den framgångsrika väg som Wolfsburg är på", säger klubbens vd Jörg Schmadtke i ett uttalande.
Van Bommel spelade i det nederländska landslag som förlorade VM-finalen mot Spanien 2010. Under sin aktiva karriär representerade han bland annat Barcelona, Bayern München och Milan.
44-åringens senaste ledaruppdrag var som tränare för PSV Eindhoven under 2019.