"Noussair Mazraoui har försäkrat oss om att han strävar efter fred och han ångrar sina inlägg som har orsakat stor irritation", säger Bayern Münchens vd Jan-Christian Dreesen i ett pressmeddelande.
Ett av de delade inläggen ska ha kommit från ett konto som hade tidigare uppmanat till att utplåna israeliska staten, enligt tyska tidningen Bild.
Den marockanske spelaren, som just nu är skadad, säger att han är ångerfull efter sitt agerande.
"Jag fördömer all form av terrorism och alla terroristorganisationer", säger Mazraoui.
Ärendet är extra känsligt i Bayern München då reservmålvakten Daniel Peretz är från Israel och spelar i det israeliska landslaget.
– Det är svårt att sätta mig i hans situation, men vi försöker stötta honom och fråga hur han mår, säger tränaren Thomas Tuchel.