Edin Bejtja stod för Sonstorps avgörande mål efter 91 minuter.
Sonstorp tog ledningen strax före halvtidsvilan, genom Emil Klingstedt. Med en dryg halvtimme kvar att spela fick Tony Myhrman träff och kvitterade för Söderköping.
I 59:e minuten nätade Emil Klingstedt på nytt, och gav Sonstorp ledningen.
Kvitteringen kom med tre minuter kvar att spela, när Tony Myhrman återigen slog till och gjorde mål för Söderköping.
Det matchavgörande målet för Sonstorp kom direkt därefter när Edin Bejtja i 91:a minuten gjorde 3-2.
Efter fyra matcher har Sonstorp nu tio poäng och Söderköping har fyra poäng.
Sonstorp tar sig an Trix/Eneby i nästa match borta onsdag 17 maj 20.00. Söderköping möter Loddby hemma lördag 13 maj 11.00.