Manchester United-stjärnan är skadad, skriver det nederländska fotbollsförbundet på sin webbplats.
Förbundskapten Frank de Boer kommer inte att kalla in någon ersättare för van de Beek, skriver förbundet.
Nederländerna inleder EM på söndag mot Ukraina och möter därefter Österrike och Nordmakedonien i gruppspelet.