Den 30-årige fotbollsmittfältaren, senast i IFK Göteborg, har skrivit på ett kontrakt som sträcker sig över säsongen 2025.
I Therns senaste match med klubben, i oktober 2010, säkrade IFK Värnamo för första gången uppflyttning till superettan. Sedan dess har laget blivit allsvenskt.
"Jag trodde väl aldrig i min vildaste fantasi att jag som för 13 år sedan signerade mitt första professionella kontrakt skulle få en möjlighet att återvända till ett IFK Värnamo som huserar i vår finaste serie. Den möjligheten vill jag inte missa", säger Thern i ett pressmeddelande.
I Värnamo finns redan pappa Jonas Thern, som i fjol var assisterande tränare men som i år gått in i rollen som scout.
Sedan förra sejouren i Värnamo har Simon Thern, förutom IFK Göteborg, representerat Malmö FF, Heerenveen, AIK och IFK Norrköping.