Segern var Söderköpings sjätte på de senaste sju matcherna, och fjärde hemmasegern i rad.
Efter en mållös första halvlek tog Söderköping ledningen i andra halvleken och bortalaget lyckades inte resa sig.
Simon Franzén gjorde två mål och Calvin Gustafsson ett mål för Söderköping, enda målskytt för Haga blev Mustafa Mohammed Yousef.
Söderköping har fyra segrar och en förlust på de senaste fem matcherna, medan Haga har två vinster och tre förluster.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, Söderköping på andra plats och Haga på nionde plats.
Tisdag 31 maj 18.30 spelar Söderköping borta mot Skärblacka. Haga möter Lindö hemma på Monnes IP måndag 30 maj 19.00.