Rubiales själv nekade till brott i förhören, men domaren valde att erlägga honom med ett besöksförbud mot Hermoso.
Enligt åklagare pågick förhöret i en timme. Varken Rubiales eller hans advokat Olga Tabau ställde upp för att ge några kommentarer utanför domstolen.
Rubiales anmäldes för sexuella övergrepp av spanska VM-spelaren Jennifer Hermoso sedan han kysst henne på munnen i samband med guldfirandet. Han anklagas också för att ha försökt pressa Hermoso att försvara honom.
Kyssen ledde till raseri och bojkott bland de spanska guldvinnarna och slutade med att Rubiales tvingades avgå från sin post efter att först ha blivit avstängd av Internationella fotbollsförbundet (Fifa).
Luis Rubiales hävdar att han är oskyldig och att kyssen skedde i samtycke med Hermoso.
Hermosos advokat Carla Vall säger att hon har begärt att Rubiales inte får kontakta eller närma sig Hermoso.
– Vi är mycket nöjda med dagens förhör. Vi tror att grunden nu är lagd för att stärka vår ståndpunkt, att det var en kyss utan samtycke, säger hon.