Den engelske fotbollsikonen tog över tillfälligt i november när Phillip Cocu fick sparken och under hans nio matcher vid rodret har Derby tagit tre segrar.
Nu har han fått jobbet på heltid och har skrivit på ett kontrakt som sträcker sig till sommaren 2023.
"Att få möjligheten att följa i samma spår som Brian Clough, Jim Smith, Frank Lampard och Phillip Cocu är en stor ära", säger Rooney i ett uttalande på klubbens hemsida.
Rooney, som är förknippad med Everton och Manchester United, kom till Derby i januari 2020. Innan han tog över som tillfällig manager spelade han i klubben och gjorde 90 minuter mot Middlesbrough så sent som i slutet av november.
Rooneys första match som permanent ansvarig blir på lördag hemma mot Rotherham.