Svenskens klubb Real Sociedad skriver på sin hemsida att det rör sig om en skada i vänster lår.
Enligt den baskiska lokaltidningen Diario Vasco kommer svensken att missa flera matcher framöver men klubben säger att man kommer att fatta beslut när man ser hur Isak svarar på behandling. 22-åringen har påbörjat rehabiliteringsträning.
Det var i Real Sociedads senaste match i La Liga som Alexander Isak utgick med vad som senare konstaterades vara en skada i baksida lår.
Tränaren Imanol Alguacil sade då att det inte är en allvarlig skada, men nu är det alltså oklart när den svenske anfallaren kan vara tillbaka.
Sverige möter Kosovo den 9 oktober och Grekland tre dagar senare, båda på Friends arena.