"Ajax behöver komma tillbaka på rätt spår och jag är sugen på att börja jobba med detta", säger han i ett uttalande.
59-åringens avtal med klubben gäller till och med den 30 juni 2025. Avtalet innebär att han från den 1 juli 2024 får en teknisk roll i klubben. Men fram till dess kommer han att vara huvudtränare.
John van 't Schip har tidigare varit både spelare, ungdomstränare och assisterande tränare i Ajax. 2009 var han också tillfällig huvudtränare i klubben.
Tidigare huvudtränaren Maurice Steijn fick sparken under säsongen och ersattes tillfälligt av Hedwiges Maduro.
Det senaste tränaruppdraget som van 't Schip hade var som förbundskapten för det grekiska landslaget.
Ajax har bara vunnit en av åtta matcher i säsongsinledningen, den sämsta starten i klubbens historia.