Matchklockan hade tickat över 89 minuter när Jordan Larsson satte dit 2–1 och fullbordade Spartak Moskvas vändning.
Khimki tog ledningen i 27:e minuten genom Maksim Glushenkov, men när samme herre blev utvisad tio minuter senare blev det en svår uppgift för Filip Dagerståls gäng – som alltså höll stången länge.
För Jordan Larssons del var det hans 15:e mål för säsongen, vilket ger honom en tredjeplats i skytteligan.
Filip Dagerstål kan trösta sig med att han fortsätter att vara bofast i Khimkis startelva, detta var hans nionde raka start på mittfältet.
Spartak Moskva ligger tvåa i tabellen efter Zenit. Khimki parkerar på åttonde plats.