Den tidigare svenska förbundskapten får gå sedan Ålborg vunnit bara en av de 13 matcher han har varit chefstränare och klubben ligger sist i tabellen.
Erik Hamrén ledde Ålborg till danskt ligaguld 2008 och kallades tillbaka till klubben i september i fjol sedan dåvarande tränaren Lars Friis fått lämna på grund av en svag säsongsinledning.
"Vi är besvikna över att den här sejouren inte blev mer lyckad, men Erik kommer alltid att ha en väldigt speciell plats i Ålborgs historia", säger klubbens ordförande Thomas Bælum i ett pressmeddelande.
Förre landslagsmittfältaren Oscar Hiljemark har varit Hamréns assisterande och tar nu över huvudansvaret.
Hiljemark tvingades avsluta spelarkarriären på grund av skador sommaren 2021, bara 28 år gammal.