Det Internationella fotbollsförbundet Fifa skriver i ett pressmeddelande att Rubiales informerats om att ett disciplinärende nu inleds mot honom.
Reaktionerna blev våldsamma sedan Luis Rubiales under prisutdelningen efter VM-segern kysste den spanska stjärnan Jenni Hermoso på munnen.
Hermoso sade efteråt att hon inte uppskattade kyssen och det spanska spelarfacket kräver att Rubiales ska bestraffas.
Den spanska damligan Liga F har krävt Rubiales avgång.
Inte heller Spaniens premiärminister Pedro Sanchez anser att en ursäkt från Rubiales är tillräcklig.
"Fifa upprepar sin orubbliga ståndpunkt att respektera integriteten för alla individer och fördömer allt uppträdande som bryter mot det", skriver Fifa i pressmeddelandet.
Det spanska fotbollsförbundet håller på fredagen ett krismöte efter händelsen.
Spanien tog VM-guld för första gången på damsidan efter 1–0-segern över England i finalen i söndags.