Framför tomma läktare i Goiania i Brasilien markerade mötet första icke-vinsten för hemmanationen sedan 1–0-förlusten mot Argentina i november 2019.
Men eftersom Brasilien redan står klara som gruppsegrare i grupp B fick spelare som Gabriel Barbosa, Everton, Douglas Luiz, Fabinho och Douglas Luis starta på bänken.
Backen Eder Militao såg dock till att ge hemmalaget en 1–0-ledning inför halvtidsvilan med ett nickmål. Men första kvarten i andra pressades de gulklädda tillbaka, och i 53:e målet lyckades Ecuadors Ángel Mena kvittera.
– I första halvan lyckades vi neutralisera deras spelsätt och passa runt bollen och göra mål, men i andra halvan så gjorde de mål och det komplicerade vårt spel. Målet var att vinna men huvudmålet var att avsluta på första plats (i gruppen) och det gjorde vi, säger Brasiliens Paqueta.
Peru besegrade Venezuela med 1–0 i den andra matchen i grupp B, och Peru följer Brasilien, Colombia och Ecuador till kvartsfinalspel, medan Venezuela är utslagna.
Argentina, Chile, Paraguay och Uruguay i grupp A är redan slutspelsklara, men inbördes ordning kommer att fastställas i måndagens matcher, lokal tid.