City-backen Nathan Akés nickade in bollen efter en hörna men backkollegan Manuel Akanji stod i offsideposition och såg ut att påverka Fulhams målvakt Bernd Leno.
Webb konstaterar att målet borde aldrig ha godkänts.
– Det är en tydlig offsidesituation, säger den förre toppdomaren.
– Akanji har en inverkan på målvakten som gör att denne börjar tveka.
Manchester City vann matchen med klara 5–1 efter hattrick av Erling Braut Haaland.
VAR-systemet har börjat skakigt den här säsongen i England med flera omdiskuterade situationer. Howard Webb gick efter premiäromgången ut och bad om ursäkt till Wolverhampton och menade att de borde ha haft straff i matchen mot Manchester United.