Han har lämnat EM-lägret och har satts i karantän, uppger det spanska fotbollsförbundet.
Alla andra i laget och staben runt det testade negativt under söndagens tester men de som har varit i nära kontakt med Busquets under lägret i Madrid har isolerats från övriga truppen.
Spaniens genrep mot Litauen på tisdag har som en konsekvens ställts in, i stället ställer Spanien där upp med sitt U21-lag.
Busquets, som har över 120 landskamper, ett VM-guld och ett EM-guld på meritlistan, missar åtminstone hela gruppspelet. Förbundskapten Luis Enrique, som bara har tagit ut 24 av tillåtna 26 spelare, har till och med lördag på sig att ersätta sin lagkapten.
Spanien möter Sverige i lagens första EM-match, i Sevilla nästa måndag.