Spänningen mellan de båda lagens supportrar ökade när Maccabi-fansen kastade in bengaler på planen, som svar på de maltesiska supportrarnas ramsor.
Fem israeliska supportrar greps och två är brottsmisstänkta.
Europeiska fotbollsförbundet (Uefa) säger att de fortfarande samlar in de officiella rapporterna från tisdagens match, som Haifa vann med 4–0. Returmötet spelas 18 juli i Israel.
Israeliska styrkor inledde tidigare i juli den största militärräden på Västbanken på flera år. Tolv palestinier och en israelisk soldat dödades i den två dagar långa militära operationen.