Asllani, 32, var en av Sveriges främsta spelare under OS i Tokyo där det blev silver efter finalförlusten mot Kanada.
Den spanska ligan har ännu inte dragit i gång, men på tisdag inleds tävlingssäsongen med Champions League-kvalmötet mot Manchester City.
Det är första gången någonsin som det spanska huvudstadslaget kvalificerat sig för turneringen – men nu får de klara sig utan sin mittfältsmotor.
En bedrövad Asllani meddelade under söndagskvällen att hon, trots dubbla vaccindoser, smittats av covid-19 och missar matchen.
"Jag är väldigt besviken att behöva meddela att jag testat positivt för covid (fullt vaccinerad) och missar den historiska Champions League-matchen på tisdag. Jag såg verkligen fram emot den här matchen och kan inte förklara med ord hur ledsen jag är över att missa den", skriver hon på Instagram.