För att göra fiaskot än större gick även stallkamraten i Red Bull, Sergio Pérez, samma öde till mötes.
De två Red Bull-förarna blev elva respektive 13:e i det andra kvalet. De tio första förarna får köra den sista kvalomgången.
Nederländaren Verstappen slog rekord senast på Monza då han vann sitt tionde lopp i rad och Red Bull-förarna har vunnit samtliga 14 tävlingar i år.
Verstappen jagar tredje raka VM-titeln och leder med 145 poängs marginal till tvåan Pérez.
Carlos Sainz, Ferrari, tog pole position.