Jamaicanskan Fraser-Pryce satte tiden i hemmatävlingen i Kingston på den karibiska ön.
Med en godkänd medvind på 1,6 meter per sekund i ryggen vann hon tävlingen på en tid som visar att hon blir att räkna med i OS i sommar. Hon var 35 hundradelar före tvåan Natasha Morrison.
Fraser-Pryce har två OS guld på 100 meter från 2008 och 2012 och kan ta sitt tredje, 34 år gammal, i Tokyo.
Hon är själv förvånad över den snabba tiden.
– Jag kom inte hit för att springa så snabbt, säger hon.
Avspänd
Fraser-Pryce kunde springa avspänt i tävlingen inför liten publik hemma på Jamaica.
– Det var ingen press, jag ville bara fått ett bra lopp inför OS-kvaltävlingarna, fortsätter hon.
Fraser-Pryce passerar med sin tid därmed Carmelia Jeter, USA, som hittills varit den näst snabbaste kvinnan i historien. 2009 sprang hon på 10,64.
I OS utmanas Fraser-Pryce av det nya amerikanska sprintfenomenet Sha'Carri Richardson som har sprungit på 10,72 i år.
Måste kvala
Men innan dess väntar Jamaicas stenhårda OS-kvaltävlingar 24-27 juni. De tre bästa i den tävlingen får springa i Tokyo.
– Jag kan inte känna mig för trygg nu. Jag måste fortfarande kvala in i laget, säger Fraser-Pryce.
Florence Griffith-Joyners tid, 10,49, är ett av friidrottens mest omstridda världsrekord. Tiden sattes i kvartsfinalen på de amerikanska OS-uttagningarna 1988 och var troligtvis hjälpt av en rejäl medvind, men godkändes fastän vindmätaren - som visade 0,0 - förmodligen var trasig.