Genom flytten hoppas maratonarrangören kunna genomföra loppet i princip som normalt.
"Vi har arbetat in i det längsta för att skapa ett säkert och attraktivt evenemang den 5 juni men har nu kommit till punkten att vi blivit tvungna att ta beslutet att flytta till hösten. Vi har väldigt goda förhoppningar om att kunna arrangera loppet på ett bra sätt den 9 oktober", säger projektledaren Christer Clefberg i ett pressmeddelande.
"Det viktigaste nu är förstås att hela samhället samverkar för att få ner smittspridningen så att vi så småningom kan börja öppna upp igen."
Förra året blev Stockholm Marathon inställt på grund av coronapandemin.