Nilsson, 21, var under början av förra säsongen utlånad till Lunds BK i division 1 södra, men kallades tillbaka när MFF fick skadeproblem på målvaktssidan. Det nya kontraktet sträcker sig till och med 2022.
"Mathias tar hela tiden steg i sin utveckling och besitter en stor potential. Vi hade hoppats att han skulle få mer speltid i Lund, men med tanke på Johan Dahlins skada fick han vara hos oss större delen av säsongen. Han är en stor talang och en spelare vi tror på både nu och i framtiden." säger sportchefen Daniel Andersson i ett pressmeddelande.
Det är också klart att Jonnie Fedel fortsätter som målvaktstränare i Malmö FF.