Ekdal fick ett kanonläge på tilläggstid, men hans nick gick över och Milan kunde vinna med 2–1 och utöka serieledningen till fem poäng.
Den svenske landslagsmittfältaren började på bänken, men byttes in efter paus och skarvade in reduceringen till 1–2 i 82:a minuten.
Då hade gästande Milan dessförinnan tagit ledningen på straff i 45:e minuten genom Franck Kessié och Samu Castillejo utökat till 2–0 i 77:e.
Milan, fortfarande utan skadade Zlatan Ibrahimovic, är fem poäng före tvåan Napoli och trean Inter. Sampdoria ligger på tolfte plats.