Kommentarerna kom efter att klubben öppet ställt sig bakom Black Lives Matter-rörelsen genom att publicera en video.
"Det vi upplevt i kommentarsfältet sedan dess har gjort oss förbluffade. Vi ber er som inte delar våra värderingar att avsluta era medlemskap" skriver klubben i ett uttalande på sin hemsida.
Videon visade bland annat Gladbachs Marcus Thuram när han i maj blev den första spelaren i Tyskland att gå ner på knä i protest. Detta efter att den svarta mannen George Floyd dog i samband med att han blev gripen av polisen i USA.
Borussia Mönchengladbach säger att de kommer att fortsätta rensa bort rasistiska kommentarer och att de skäms över de supportrar som skrivit kommentarerna.
Klubben har över 150 000 medlemmar.