Slavia Prag-spelaren anklagas för att ha uttryckt sig rasistiskt mot Rangersspelaren Glen Kamara när lagen möttes i Europa League-slutspelet.
Kamaras advokat har sagt att tjecken troligen kommer att bli förhörd av skotsk polis om han återvänder till de brittiska öarna.
Men Slavia Prags advokater hävdar att det inte stämmer och att det inte är anledningen till att han avstår från att åka med landslaget till Wales.
“Skotsk polis har bekräftat för Slavia Prag att utredningen är på ett tidigt stadium och att Kudela samarbetar fullt ut”, skriver Slavia Prags advokater i ett uttalande.
Ondrej Kudela spelade hela matchen när Tjeckien inledde VM-kvalet med en 6–2-seger över Estland.