Minister Krassimir Zhivkov påstås vara delaktig i hanteringen av soporna som bränts i Bulgarien enligt åklagare.
Italienska och bulgariska myndigheter har utrett två bulgariska bröder som äger en återvinningsfirma där miljöskadligt och farligt material tas om hand. Batterier, blyprodukter och plastmaterial har ingått i återvinningsverksamheten. Men åklagare säger att de farliga ämnena brändes.
"Biträdande minister Zhivkov pressade sina underordnade att tillåta den illegala verksamheten med sopor från Italien", skriver åklagare Dolka Brezashka.
Tidigare i år skickades 157 containrar med sopor tillbaka till Italien. Miljöminister Neno Dimov tvingades då avgå, och har sedan dömts till fängelse för vårdslöshet.
Vid en räd mot de två affärsmännen i staden Rousse på fredagen fann polis enligt uppgift även listor med namn på mediepersoner och entreprenörer som dödats under 1990-talet, samt uppgifter om omfattande penningtransaktioner nedtecknade invid namnen.