I Stilla Havet råder vanligtvis än västgående, havsström, där kallt vatten transporteras västerut och succesivt värms upp; från cirka 20 grader vid Galapagos öarna, till drygt 30 grader när vattnet nått fram till Indonesien. Vart tredje till femte år vänder dock havsströmmen och varmt vatten börjar strömma i omvänd riktning, mot Sydamerika.
Över det varma vattnet bildas också regn/ åskskurar som följer med strömmen. Efter 3-4 månader når det varma vattnet fram till Sydamerikas västkust som då kan drabbas av regn och översvämningar, samtidigt som det blir en torrperiod i Sydostasien och Australien. T o m så långt bort som i södra Afrika kan man märka effekterna av El Niño.
Namnet El Niño betyder "det lilla gossebarnet" eller Jesusbarnet, eftersom detta fenomen ofta brukar dyka upp ungefär vid Juletid. Efter en tidsperiod, vanligen på 9-18 månader, vänder havsströmmen åter mot väster och vädret återgår till det mer normala.
I år väntas en ovanligt kraftig El Niño, kanske den kraftigaste på 20 år, då är det möjligt att t o m Kalifornien kan få efterlängtat regn som en effekt av detta fenomen.