Guaidó, som lever i exil i USA, anklagas i Venezuela bland annat för förräderi, penningtvätt och sammanslutning i syfte att begå brott, enligt en talesperson på åklagarmyndigheten.
Enligt regeringen pågår 27 olika utredningar av Guaido, men det är första gången en arresteringsorder har utfärdats.
Juan Guaidó, tidigare talman i den ursprungliga nationalförsamlingen, utropade sig 2019 till landets interimspresident med hänvisning till att landets auktoritäre ledare Nicolás Maduros presidentmandat inte kunde anses vara legitimt.
Han fick då stöd från tiotals länder, bland annat USA.