41 personer, inklusive tre barn, rapporterades som saknade i onsdags efter att båten de färdades i kapsejsat.
Migranterna hade lämnat den tunisiska hamnstaden Sfax sex dagar tidigare och fyra överlevande tillbringade flera dagar på drift till havs innan de räddades av ett handelsfartyg.
"Jag fick med sorg kännedom om nyheten om ett migrantfartygshaveri på Medelhavet", skriver påven i ett uttalande på X, tidigare känt som Twitter.
"Låt oss inte förbli likgiltiga inför dessa tragedier, och låt oss be för offren och deras familjer", skriver han.
En rad dödliga skeppsbrott har rapporterats i centrala Medelhavet de senaste dagarna, efter en period med dåligt väder. Tidigare i somras befaras flera hundra personer ha omkommit när båten de var ombord på förliste.