"Tyvärr har både civila och poliser mist livet", säger presidenten enligt hans presstjänst på sociala medier-appen Telegram.
Hur många eller varför människorna har dött förklarar han inte.
Enligt Mirzijojevs pressekreterare gäller undantagstillståndet i den autonoma republiken Karakalpakstan, belägen i det centralasiatiska landets västra delar, i en månad.
Bakgrunden är en föreslagen konstitutionsändring som skulle minska regionens möjligheter till framtida självstyre, och ta bort en option för den autonoma republiken att via folkomröstning rösta om självständighet.
Det fick protester att bryta ut och presidenten har sedan dess backat från de föreslagna reformerna.
Internetåtkomst har begränsats i territoriet under den senaste veckan och minst en privat nyhetssida raderade en artikel om förändringarna av Karakalpakstans status kort efter att den publicerats.
Spontana demonstrationer är olagliga i den forna sovjetrepubliken.