"Ingen ska utsättas för diskriminering när de reser och dagens besked sänder ett tydligt budskap till flygbranschen om att vi är beredda att undersöka och vidta åtgärder närhelst passagerares medborgerliga rättigheter kränks", säger USA:s transportminister Pete Buttigieg i ett uttalande.
Händelsen inträffade i maj 2022. Gruppen var på väg från New York till Budapest i Ungern, men nekades att gå ombord ett anslutande plan i Frankfurt, rapporterar NBC.
Orsaken ska vara att några i gruppen vägrat att bära skyddsmasker.
En film av händelsen visade att Lufthansas personal sagt till dem att "alla måste betala" för misstag som några få har begått och därefter definierat "alla" som "judar som kom från JFK (flygplats i New York)".
Lufthansa säger i ett uttalande att bolaget har samarbetat fullt ut med transportdepartementet under utredningen.