I filmklippet dödar en tecknad version av Gosar den demokratiska kongressledamoten Alexandria Ocasio-Cortez och attackerar därefter president Joe Biden.
Det är första gången som kongressen fördömer en sittande ledamot på över tio år, rapporterar CNN. 223 ledamöter röstade för resolutionen och 207 röstade mot.
Gosar nekar till ont uppsåt och har raderat inlägget där han publicerade videon, som han sagt var menad som en symbolisk kritik mot demokraternas invandringspolitik.
– Vi kan inte ha medlemmar (i kongressen) som skämtar om att mörda varandra eller hotar USA:s president, sade representanthusets demokratiske talman Nancy Pelosi under omröstningen.