Planen att mörda den dåvarande presidentkandidaten uppdagades när USA:s federala polis i ett telefonsamtal förhörde en afghansk man som utvisats från USA. Det framgår i dokument som lämnats in i en domstol i på Manhattan i New York.
Mannen berättade i förhören att Irans revolutionsgarde kontaktade honom i september och då gav instruktioner om att på sju dagar planera hur ett mord på Trump skulle kunna genomföras.
"Få aktörer i världen utgör ett så stort hot mot USA:s nationella säkerhet som Iran", säger justitieminister Merrick Garland i ett uttalande.
När mordplanerna aldrig iscensattes ska beställarna ha skjutit upp planerna till efter valet. Revolutionsgardet uppges inte ha trott att Trump skulle vinna, och att det därmed skulle bli lättare att mörda honom då.
Två män, som gripits, rekryterades av mannen för att utföra attentat mot personer i USA som är kritiska till Iran. De är dock inte åtalade för planerna mot Trump.
Den man som avslöjade planerna bor enligt FBI i Teheran. Han dömdes 1994 till ett längre fängelsestraff för rån och utvisades 2008.
"Irans revolutionsgarde är en utländsk terrororganisation, har konspirerat med kriminella och yrkesmördare för att skjuta amerikaner på amerikansk mark och det tolererar vi inte", säger FBI-chefen Christopher Wray i ett uttalande.